内分泌疾病常导致生理功能障碍和睾丸生精障碍，也是造成男性不育的重要原因。
1）下丘脑--垂体-睾丸性腺轴功能障碍，引起性腺功能异常。
①性腺功能亢进：目前只有一种疾病，即睾丸间质细胞瘤，病人雌激素水平增高，表现为女性化、乳房增大及阳痿；
②性腺功能低下：引起的疾病很多，亦较常见。根据病变所在部位分为三种类型：原发性（促性腺激素分泌增多型，主要病变在睾丸）、继发性（促性腺激素分泌不足型，主要病变在垂体下丘脑）和雄激素受体缺乏（靶细胞对睾酮反应低下，表现为男性假两性畸形）。常见的有促性腺功能低下的性腺功能减退症，如垂体性巨人症、垂体性侏儒症、肢端肥大症、脂肪生殖器官营养障碍、柯兴氏综合征、西蒙氏病等；表现为生精功能低下、血清睾酮较低和促性腺激素低下；不有原发性睾丸功能不全症（促性腺功能正常的性腺功能减退症），血浆促性腺激素浓度正常或偏高、血清睾酮浓度较低，性腺器官和第二性征发育较差，睾丸、阴茎较小，精子的量和质异常。
2）肾上腺疾病
包括肾上腺，皮质和髓质的增生与肿瘤引起性腺和生精功能异常及生理功能障碍而影响生殖功能。如先天性肾上腺增生症、肾上腺皮质增生症、阿狭森氏病、柯兴氏征、女性化肾上腺皮质肿瘤及醛固酮增多症等。
3）甲状腺疾病
甲状腺疾病
甲状腺功能低下与亢进都会发生不同程度的生理功能障碍及睾丸生精功能异常，表现为性欲减退、阳痿、精子数量少及活动力低。
4）、糖尿病
糖尿病患者常有生理功能障碍和生精功能减退，临床上常有性欲低下、阳痿、早泄、逆行射精等。如能控制血糖，可恢复生育能力。
5）垂体疾病
垂体疾病可引起更多的生理功能问题，与男性不育有更为密切的关系：①垂体功能亢进，早期可有性欲增强，继而出现性欲减退、阳痿；②垂体功能低下，如垂体肿瘤、炎症或破坏出现生理功能减低，严重者导致睾丸萎缩，精子发生障碍，垂体肿瘤可使血催乳素水平升高引起高催乳素血症。
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